Скрипт создает пептидную цепь из заданной последовательности аминокислот.
Принцип работы:
Скрипт построчно считывает название аминокислоты и торсионные углы из файла сиквенса. В соответствии с торсионными углами строит остов, а затем присоединяет к нему боковые цепи аминокислот, правильным образом ориентируя их.
Аминокислоты берутся из папки PDB.
Важно:
Файл с последовательностью должен быть такого вида:
Аминокислота угол φ угол ψ
Например:
ALA -60 -30 GLY -60 -30 GLN -60 -30 GLY -60 -30 GLY -60 -30 TYR -60 -30 GLY -60 -30 GLY -60 -30 LEU -60 -30 GLY -60 -30 SER -60 -30 ALA -60 -30 GLY -60 -30 GLN -60 -30 GLY -60 -30 GLY -60 -30 TYR -60 -30 GLY -60 -30 GLY -60 -30 LEU -60 -30 GLY -60 -30 SER -60 -30 ...
Пустые строки недопустимы и будут трактоваться как глицин.
Если имеется последовательность в однобуквенных обозначениях, используйте следующий скрипт
wget http://www.molsim.org/sites/default/files/classicAA_view.tar.gz
Распакуйте его:
tar -xvf classicAA_view.tar.gz
Запустите его командой
./classicAA_view.sh input.seq
где input.pre файл с сиквенсом в однобуквенных обозначениях, записанный в одну строку без пробелов.
Допишите торсионные углы и приведите файл к вышеуказанному виду. Обратите внимание, что последняя строка не должна быть пустой!
Последовательность должна быть записана в порядке перечисления аминокислот от N- к C-концу.
Использование:
Скачайте архив со скриптами и необходимыми файлами в желаемую директорию:
wget http://molsim.org/sites/default/files/seq2pdb.tar_0.gz
Распакуйте его:
tar -xvf seq2pdb.tar.gz
Для работы скрипта требуются две библиотеки:
Math::Vector::Real и Math::MatrixReal
Скачайте, распакуйте и установите их в соответствии с инструкциями в файле readme.txt.
wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/S/SA/SALVA/Math-Vector-Real-0.06.... tar -xvf Math-Vector-Real-0.06.tar.gz
wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/L/LE/LETO/Math-MatrixReal-2.08.ta... tar -xvf Math-MatrixReal-2.08.tar.gz
seq2pdb.pl:
./sec2pdb.pl [filename] например, для файла последовательности output.seq: ./sec2pdb.pl output.seq
в директории появится файл output.pdb
Для вышеприведенного сиквенса Вы получите спираль такого вида.
vmd output.pdb
Прикрепленный файл | Размер |
---|---|
seq2pdb.tar.gz | 6.12 кб |
classicAA_view.tar.gz | 357 байтов |