Профили свободной энергии аминокислот на границе вода/воздух.

Для расчёта профиля свободной энергии соединений на границе раздела фаз вода/пар была сконструирована модель границы раздела, см. Рис. 1. Прямоугольный слой воды толщиной 4 нм помещён в расчётную ячейку (3x3x20нм3), чьи размеры постоянны в ходе моделирования. Количество молекул воды - 1173. Расчёты проводились в пакете GROMACS v. 3.3.1 [4]. Для расчёта профиля свободной энергии использовался метод сдерживающей силы. С помощью алгоритма поддерживалась фиксированная проекция расстояния между центрами масс молекулы и водного слоя на ось, перпендикулярную к поверхности. На каждом шаге измерялась сдерживающая сила, которую необходимо было прикладывать, чтобы это расстояние оставалось фиксированным. Для этого использовался, так называемый, GROMACS pull code, который поддерживал проекцию расстояния постоянной с использованием алгоритма SHAKE [5]. Исследуемая молекула помещалась на различных расстояниях от центра масс водного слоя, и для каждой такой системы после уравновешивания проводился расчёт длиной в 4 нс. Для каждой молекулы было рассчитано 80 точек: положение от -4 нм до 4 нм с шагом 0.1 нм. Мгновенная сила записывалась на каждом шаге, затем усреднялась. Профиль средней силы затем аппроксимировался кубическим сплайном, учитывая симметрию профиля относительно z=0.