Notice: Undefined index: us in /home/molsim/molsim.org/docs/sites/all/modules/ip2locale/ip2locale.module on line 505

Notice: Undefined index: us in /home/molsim/molsim.org/docs/sites/all/modules/ip2locale/ip2locale.module on line 505
Молекулярное моделирование с использованием графических процессоров | molsim.org

Молекулярное моделирование с использованием графических процессоров

Одним из перспективных направлений развития современных высокопроизводительных вычислений является использования ускорителей на графических процессорах (GPU). Графические процессоры, изначально заточенные для ускорения расчетов трехмерной графики, в последнее время эффективно применяются для проведения научных расчетов, в которых есть необходимость параллельной обработки большого количества однотипных данных. К такого класса задачам относятся многие задачи молекулярного моделирования, в том числе расчеты методом молекулярной динамики.

Существенный прогресс в возможностях проведения расчетов на графических процессорах произошел за последние несколько лет и связан с появлением как языков программирования, позволяющих создавать программы использующие GPU (CUDA C, OpenCL), так и специальных линеек графических ускорителей предназначенных для расчетов (NVIDA TESLA).
Однако, для эффективного использования возможностей графических процессоров необходима модификация программ, а зачастую и переосмысление алгоритмов программ.

В группе молекулярного моделирования ведутся работы по испытанию и адаптации программного обеспечения для работы с графическими процессорами. Особый упор делается на использование гетерогенных кластерных архитектур с двумя уровнями параллельности: на уровне графических процессоров и на уровне распараллеливания задачи между узлами кластера.

Работы ведутся в рамках проекта финансируемого Федеральным агентством по науке и инновациям "Распеределенные вычислительные системы для решения задач молекулярной биоинженерии".

Актуальная информация по нашим исследованиям, а также по применению GPU к вычислениям в области молекулярного моделирования, публикуется в блоге проекта по адресу
http://molsim.org/gpublog.

Блог проекта - http://molsim.org/gpublog